1917年，蔡元培出任北大校長，為矯正官僚腐敗之風，他提出「思想自由，兼容併包」的方針，大刀闊斧改革，重新聘任教授。
一代國學大師辜負銘亦在受邀之列，但他是傳統文化的堅定守護者，留長辮，穿清代服飾，反對白話文、白話詩，支持張勳復闢，引起校內師生強烈不滿。
錢玄同等新文化運動的先鋒人物，將辜負銘斥為思想頑固的復古派，不屑與他為伍，聯名寫信要求開除他。
但蔡元培沒有門戶之見，他認為學術上的派別只是相對的，不是絕對的。
即使主張不同，只要「言之成理、持之有故」，就應該兼容並包。
儘管有人說辜負銘是「鐵桿的保皇派」，可他學貫中西，精通九門外語，為人光明磊落，仍是一位不可多得的好老師，因而蔡元培支持他繼續留任北大。
後來，辜負銘主講的《論中國人的精神》系列講座，風靡北大，廣受好評。
陳獨秀稱讚蔡元培：「這樣容納異己的雅量，尊重學術自由的卓見，在東方人中實所罕有。
」時至今日，就中國大學的改革發展而言，蔡元培依然是一座可望而不可即的高峰。
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